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Master BIM

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UNS Ecole Polytechnique Universitaire
Université de Nice - Sophia Antipolis
Nice Baie des Anges location Juan-les-Pins

Master BIM :
Biologie, Informatique et Mathématiques

Présentation générale :
Le M1 BIM :
Le M2 BIM :
Autour du master BIM :










Le Master BIM est un master de modélisation en bio-informatique qui propose un M1 commun et deux parcours au premier semestre de M2. Le parcours Systèmes Complexes Biologiques (SCB) est centré sur la modélisation des systèmes biologiques et leur comportement dynamique. Le parcours Computational Biology and Biomedicine (CBB) constitue la branche internationale du master BIM avec des enseignements en anglais ; il se focalise sur le corps humain sous différents points de vue (aspects fonctionnels, signaux biomédicaux).
Nota: les seuls parcours ouverts actuellement sont le M1 BIM avec discipline majeure en biologie, le M2 BIM SCB avec discipline majeure biologie (voir le master SVS) et le M2 BIM international CBB avec discipline majeure mathématiques et informatique.

Description scientifique :

Le master BIM est une spécialité du master d'informatique de l'Université de Nice - Sophia Antipolis qui accueille aussi bien des informaticiens ou mathématiciens motivés par les sciences de la vie que des biologistes que les raisonnements formels n'effrayent pas. Physiciens et chimistes attirés par la biologie et l'informatique théorique sont également bien venus. Cette hétérogénéité permet de former des experts rompus à la pluridisciplinarité dans le cadre de la modélisation des systèmes biologiques complexes.

De nombreux systèmes biologiques et médicaux, bien que complexes, peuvent maintenant être modélisés avec une rigueur suffisante pour obtenir des éléments explicatifs et prédictifs de leurs comportements. Cette activité de modélisation informatique et mathématique requiert une expertise pluridisciplinaire lourde qui n'existe pas encore, ou presque pas, sur le marché du travail alors qu'un nombre non négligeable d'entreprises ou de laboratoires (publiques ou privés) sont demandeurs de tels experts. Ce domaine couvre en particulier des applications à la pharmacologie, aux cosmétiques et à la conception de prothèses, ainsi que la recherche fondamentale en biologie et médecine, applications fortement développées dans la région de Nice. De nombreux laboratoires et plusieurs industries expriment un besoin urgent d'ingénieurs et de doctorants, avec une forte pénurie de candidats.

Loin d'être un handicap, l'hétérogénéité de provenance des étudiants dans la spécialité BIM permet une formation par la pratique à la communication scientifique entre disciplines, avec ses difficultés bien connues de terminologies différentes, risques de contre-sens, modes de raisonnement différents, etc. L'expérience acquise en Licence BIM à l'UNS montre que cette « proximité forcée » entre étudiants de cultures scientifiques différentes induit une forte capacité de recul et une remarquable autonomie d'apprentissage.

Les parcours SCB et CBB sont complémentaires sous au moins deux points de vue :
  • SCB couvre les aspects « modèles » de la bio-informatique dans le cadre de la biologie des systèmes tandis que CBB est plutôt axé sur le biomédical ;
  • SCB est conçu pour un public francophone alors que CBB offre ses cours en anglais et est plus tourné vers l’international.
Le parcours Systèmes Complexes Biologiques (SCB) enseigne les méthodes de modélisation et les outils formels pour les bio-informaticiens de demain en mariant des idées issues des mathématiques (incluant statistiques et probabilités) et de l’informatique théorique (incluant logique formelle et systèmes dynamiques) aux connaissances biologiques. Il forme des experts de haut niveau qui sauront donner des réponses concrètes aux grandes questions de la biologie systémique moderne. Ces experts savent intégrer des connaissances issues des expérimentations, et en particulier des informations parfois très partielles, afin d'étudier l'ensemble des comportements possibles d'un système complexe biologique. Les champs d'application en biologie sont immenses et couvrent aussi bien la prédiction de l'effet de molécules thérapeutiques sur une cellule que l'optimisation d'expériences biologiques en vue de valider une hypothèse biologique, ou encore la conception de réseaux biologiques artificiels dans le cadre de la biologie synthétique.

Le parcours Computational Biology and Bio-medicine (CBB) enseigne les techniques pour comprendre et modéliser les aspects fonctionnels ou interpréter les signaux biomédicaux venant des diverses machines. Ceci à des échelles différentes (des molécules aux organes et l’organisme tout entier). Ce parcours fournit les connaissances nécessaires pour faire face aux challenges et aux choix qui peuvent être rencontrés dans la bio-informatique et la bio-médecine de demain, avec un accent marqué sur l'imagerie en biologie et les fondements des systèmes biologiques neuronaux. Ce parcours est également la branche internationale du master BIM : tous ses cours sont en anglais et des bourses d'aide ont été mises en place avec l'aide des laboratoires partenaires.

En M1, l'objectif est d'acquérir les outils scientifiques pour remplir un contrat pédagogique à la fin du master. Ce contrat pédagogique est individualisé, en concertation avec les enseignants, et le domaine d'expertise de chaque étudiant se définit progressivement au cours du Master. Compte-tenu de la diversité de provenance des étudiants, une première étape d'harminisation offre des cours de base dans chacune des trois disciplines. Cette étape est suivie de quelques cours fondamentaux de chacune des trois disciplines et l'on entre ensuite rapidement dans des enseignements pluridisciplinaires.

En M2, les étudiants choisissent entre les deux parcours. On y conserve cependant la particularité de quelques cours d'harmonisation, ce qui facilite des passerelles d'un M1 scientifique standard (français ou étranger) vers le M2 BIM ou bien ce qui complète un domaine d'expertise en biologie. Enfin le stage de master, qui peut avoir lieu aussi bien localement qu'ailleurs en France ou à l'étranger, est choisi en accord avec le projet de chaque étudiant en accord avec son contrat pédagogique.

Le master BIM conduit aussi bien à des débouchés de recherche académique qu'à des débouchés professionnels en industrie.